『두근두근 용기 캡슐』은 조금은 느리더라도 자신의 속도에 맞게 용기를 키워 가는 방법을 알려 주는 이야기이다. 선후는 하고 싶은 말이 있어도 쉽게 꺼내지 못한다. 생각이 많아 어디서부터 말해야 할지 정리되지 않기 때문이다. 그래서 선후의 마음속에는 하지 못한 말들이 차곡차곡 쌓여 있다. 어느 날 학교에서 도두리 작가의 인형극이 열린다. 인형극의 주인공은 세상 밖으로 나가고 싶어 하는 두더지였다. 선후는 두더지를 보며 자신의 바람을 떠올린다. 그리고 인형극을 본 뒤 퀴즈 정답을 맞혀 특별한 캡슐을 선물로 받는다. 캡슐 뚜껑을 열자 시원하고 상쾌한 향이 퍼지고, 그 향을 맡은 선후는 놀라울 만큼 용기가 솟아오른다. 평소 자신을 놀리던 유찬이에게 다가가 마음속에 담아 두었던 말을 꺼낼 정도였다. 하지만 기쁨도 잠시, 캡슐의 향은 점점 옅어지고 용기가 필요할 때마다 캡슐에 의지하는 것도 쉽지 않다는 사실을 깨닫게 된다. 선후는 점차 캡슐의 마법에 한계를 느끼기 시작한다. 과연 선후는 자신의 힘으로 용기를 내고, 하고 싶은 말을 당당히 전할 수 있게 될까?