『여기는 요괴 병원. 7, 나는 요괴 병원의 조수입니다!』는 병원을 무서워하는 아이들에게 ‘요괴 병원’이라는 흥미로운 설정으로 친근하게 다가가는 판타지 동화다. 인간의 눈에는 보이지 않는 요괴 병원에는 백눈이, 달걀귀신 등 다양한 요괴 환자들이 찾아오고, 의사인 호즈키 선생님은 이들을 치료하느라 늘 바쁘다. 어느 날 평범한 초등학생 준은 우연히 요괴들의 세계에 들어서게 된다. 그러던 중 수수께끼의 꽈리 종소리에 이끌려 요괴 병원을 찾지만, 정작 호즈키 선생님은 자리에 없다. 대신 처음 만난 할머니는 준에게 흰 가운과 청진기를 건네며 선생님 대신 환자를 진찰하라고 한다. 얼떨결에 요괴 병원의 조수가 된 준은 달걀귀신을 치료하고, 응급 환자를 찾아 해골 택시를 타고 왕진까지 떠난다. 그런데 그를 기다리고 있는 환자는 예전에 자신을 잡아먹으려 했던 무시무시한 도깨비다. 과연 준은 무사히 진찰을 마칠 수 있을까? 그리고 준을 요괴 병원으로 이끈 꽈리 종은 누가 울린 것일까?