『수상한 지하철역』은 우리에게 익숙한 공간인 지하철역을 배경으로 펼쳐지는 추리 동화다. 호기심 많고 정의감 넘치는 나여진은 늘 주변을 따뜻한 시선으로 살피며 문제 해결에 앞장서는 아이지만, 이번에는 조금 다르다. 엄마의 낯선 말과 행동에 예민하게 반응하며 점점 거리를 두게 된 것이다. 평소의 여진이라면 먼저 엄마의 사정을 궁금해했겠지만, 이번만큼은 쉽게 마음을 열지 못한다. 한편, 동네에 새 지하철이 개통된 뒤 이상한 소문이 돌기 시작한다. 사람은 없는데 그림자만 나타나고, 발권기 뒤에서는 수상한 흔적이 발견된다. 늘 같은 자리에 앉아 있던 할머니는 어느 날 흔적도 없이 사라진다. 여진과 친구들인 이대팔, 미지는 처음에는 귀신이나 도깨비 이야기라며 대수롭지 않게 여기지만, 설명할 수 없는 일들이 연이어 벌어지자, 의문을 품기 시작한다. 그렇게 하나둘 쌓여 가는 의문들은 뜻밖에도 서로 연결되기 시작한다. 여진과 이대팔, 미지는 지하철역에서 벌어진 수상한 사건들을 추적하며 숨겨진 진실에 다가간다.