『붕어빵 연구소』는 마음에 상처를 입은 아이들이 따뜻한 위로 속에 회복해 가는 과정을 그린 창작 동화다. 단이는 늘 주변의 관심을 독차지하는 형 때문에 자신이 투명 인간처럼 느껴진다. 그래서 형을 경쟁자로 여기며 더 나서거나 말썽을 부려서라도 사람들의 시선을 끌고 싶어 한다. 어느 날 형이 <마법의 탑> 학원에 다니기 시작해 성적이 오르자, 단이도 같은 학원에 다니고 싶다고 말한다. 허락은 받았지만, 곧 지나치게 엄격한 분위기에 지쳐 학원에 다니겠다고 한 것을 후회한다. 학원에 들어가기 싫어 무거운 발걸음을 옮기던 그때, 단이의 콧속으로 달콤하면서도 고소한 냄새가 스며든다. 냄새를 따라 엘리베이터에 들어간 단이는 낯선 물고기 모양 버튼을 발견하고 누른다. 엘리베이터가 위로 올라 도착한 곳은 다름 아닌 <마음 정원>. 그곳에는 붕어빵 연구소가 있었고, 낯선 할머니가 단이를 따뜻하게 맞아준다. 이제 단이에게는 어떤 일이 펼쳐질까?